元气骑士的特殊任务主要包括每日悬赏任务和挑战任务两种类型。每日悬赏任务每天随机刷新1-2个，玩家可通过任务板查看详细信息，完成后在警官处领取奖励，奖励包括宝石、材料等。挑战任务每日刷新4个随机因子，需携带这些因子通关才能完成，奖励涵盖蓝宝石、肥料及角色试玩券等资源。两种任务均受时间限制，未完成的任务不会累积至次日。
悬赏任务的刷新机制较为固定，每日0点自动更新，未完成的任务会被替换。部分玩家通过云存档功能尝试刷新悬赏任务内容，但仅限使用前一天的存档数据，当天的存档无法通过此方法刷新任务。挑战任务的因子组合完全随机，可能出现增益或减益效果，若遇到难度过高的组合，可通过特定方法绕过因子限制完成任务：先进入普通模式地牢，暂停返回主界面领取任务后继续游戏，任务进度可正常累积且不受因子影响。
特殊任务中的精英赏金任务每周仅能完成1次，奖励优于日常任务，通常需击败特定BOSS或完成高难度副本。日常赏金任务每日上限为5次，完成后可花费元宝重置，但重置成本逐次递增。联动活动期间可能新增限定任务，例如与元气骑士前传联动时，完成指定任务可兑换限定角色、宠物及武器皮肤，此类任务通常独立于常规每日任务体系。
任务刷新与角色进度相关，部分高阶任务需通关主线第三章克隆基地后解锁。赏金任务按难度分为1-5星，建议新手从低星任务入手，逐步提升装备与技能等级后再挑战高星任务。完成所有日常任务后，玩家可通过赛季模式、守护神殿或邪王的迷阵世界等玩法继续获取资源，其中邪王的迷阵世界为无尽模式，无任务次数限制。
任务系统与游戏内其他机制深度绑定，例如悬赏任务奖励的瓦尔基里之羽可用于解锁魔法区，而挑战任务提供的宝石是角色强化和商店采购的主要货币。合理规划每日任务完成顺序能显著提升资源获取效率，优先完成高奖励的精英任务和联动任务，再处理常规悬赏与挑战任务，可最大化每日收益。
