口袋妖怪火红与红蓝宝石版本的任务难度主要体现在剧情推进的线性设计、神兽捕捉的复杂条件以及隐藏要素的探索门槛上。火红版作为初代重制作品，保留了经典的道馆挑战和火箭队主线，但新增的七岛剧情需要玩家在通关后完成一系列岛屿任务，包括解谜、战斗和道具收集，其中蓝宝石交付任务涉及多段密码获取和跨岛追踪，流程较长且容易遗漏关键步骤。红蓝宝石版本则通过天气研究所事件、海底洞窟探索等主线任务，要求玩家掌握潜水、推石等秘传技能的使用时机，部分场景如废弃沉船或石之洞窟需结合环境互动才能推进。
火红版超梦需在完成七岛任务后进入华蓝洞窟，洞内地形复杂且需用闪光术照明；三圣鸟（火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟）分布在特定岛屿的顶峰、发电厂和双子岛深处，等级均为50级且拥有高威力技能。红蓝宝石版的神兽如固拉多、盖欧卡和烈空坐则与主线强绑定，固拉多需在遗产山谷草原遭遇，盖欧卡需用超级钓竿在双子岛垂钓，烈空坐则需在天柱顶层通过风马自行车挑战迷宫后才能捕捉，这些设计对玩家的队伍强度和操作精度有较高要求。
隐藏任务和道具收集进一步提升了难度。火红版的训练师塔通行证、妖怪魔笛等关键道具需通过NPC对话或特定事件触发，红蓝宝石版的秘密基地系统要求玩家掌握神秘力量技能并在岩壁或灌木丛中寻找入口。两版本均设有需推石解谜的遗迹（如火红版安侬遗迹、红蓝宝石版沙漠遗迹），部分区域如狩猎地带或火山灰地带的地形限制也增加了探索成本。红蓝宝石的选美大赛和糖果制作系统虽非主线，但涉及属性搭配和果实收集，完成全奖励需要反复尝试。
火红版的四天王和冠军渡的队伍等级跨度较大（52-65级），红蓝宝石的精灵联盟则采用双属性专精的馆主阵容，如大吾的钢系队伍和米可利的水系组合。两版本均存在需要特定属性克制的战斗，如火红版幽灵塔的嘎啦嘎啦需用恶系或幽灵系技能应对，红蓝宝石版熔岩团和海洋团的头目战则考验玩家对天气系统的理解。后期任务如战斗边疆或对战开拓区的连续挑战，更要求玩家优化队伍配置和战术策略。
两版本的任务难度既来自流程设计的复杂性，也源于系统机制的深度。火红版侧重线性剧情与隐藏要素的结合，红蓝宝石则通过环境互动和双版本独占内容增强挑战性。玩家需合理规划秘传技能分配、队伍培养路线及道具使用节奏，才能高效完成全任务目标。
